Cengiz Hân’ın oğullarından biri. Çağatay Hân, Cengiz Hân’ın eşi Burte Uçin’den olma ikinci oğlu. Doğum târihi belli değildir. Babasının sağlığında iken Cengiz Kânununu en iyi bilen ve tatbik eden kendisi olduğu için, devlet idaresinde söz sahibi idi. Diğer kardeşleri ile birlikte babasının Çin (1211-1216) ve Harezm (1219-1224) seferlerine katıldı. Ordularıyla Afganistan ve Hindistan içlerine kadar girdi ve birçok bölgeyi istilâ etti. Babasının, Tangutlara karşı (1225-1227) düzenlenen son seferine katılmadı. Moğolistan’daki kıt’atarın kumandanı olarak kaldı.
Çağatay, babasının ölümünden sonra savaşlara katılmadı. 1227 senesinde ölen babasının yerine kardeşi veliaht öğedey’i hükümdar îlân etti. Kendisi, doğuda Uygurlar ülkesi ile batıda Semerkand ve Buhârâ’ya kadar olan bölgede hâkimdi.
Fakat idare, kendisinden ziyâde öğedey’in valilerinin elindeydi. Moğol kânununu iyi bildiği için, Moğollar arasında büyük bir nüfuzu vardı. Böyle olmasına rağmen, müslü, manlar tarafından hiç sevilmezdi.
Çünkü, hayvanları İslâmî usûlde kestirmediği gibi, gusül abdestini de yasaklamıştı. Müslümanların gusletmek için akarsüya girdiğini öğrenince, bunu da yasaklayarak, bu gayeyle suya girenlerden yakalananları derhal öldürmeye başladı. Kardeşi öğedey’in, 1241 senesinde ölmesinden kısa bir süre sonra hastalandı.
Tabibler, hastalığına çâre bulamayınca, Moğol âdeti gereğince 1241 senesi başlarında îdâm edildi.
