Ebola virüsünün kökeni hâlâ kesin olarak tespit edilememiştir. Fakat bazı maymun türlerinin ebola için ana konak olabileceği düşünülmektedir. Meyve yarasalarının patojenin doğal rezervuarını oluşturduklarına inanılmaktadır. Bir teori de virüsün, yarasalardan kalan meyve artıklarını yiyen maymun, domuz ve diğer bazı hayvanlara bulaştığını ileri sürmektedir.
Virüs insanlara hayvanların kan ve vücut sıvıları ile temas sonucu bulaşır. Direkt hayvanlardan insanlara bulaşabildiği gibi insandan insana da kan ve vücut sıvıları ile temas sonucu bulaşabilmektedir. İdrar, dışkı, kusmuk, gözyaşı ve anne sütü gibi aklınıza gelebilecek bütün vücut sıvılarında virüs saptanmıştır. Hastalarla yakın temas halinde olduklarından enfeksiyon için önemli bir risk grubu sağlık çalışanlarından oluşmaktadır.
Hastalığın tedavisi olmadığından korunmada bulaşıcılığın önlenmesi esastır. Bu nedenle hasta hayvanlar en kısa zamanda karantinaya alınmalıdır. Ölü hayvanların cesetleri dikkatlice yok edilmelidir. Bu hayvanların etleri, özellikle de çiğ etleri tüketilmemelidir.
Hastalığa neden olan 5 farklı Ebola virüsü grubu tespit edilmiştir. Bu viral gruplardan üçü, insanlarda büyük salgınlara neden olmuştur. Pek çok tropik enfeksiyondan farklı olarak ebola virüs enfeksiyonunun sivrisinek ısırığı yoluyla bulaştığı şimdiye kadar saptanmamıştır.