Proloterapinin riskleri cerrahi tedavide görülen risklerden önemli ölçüde azdır. Proloterapi, genel anestezi uygulanmasını ve hastanede yatmayı gerektirmez. İyileşme süresi cerrahiye göre çok daha kısadır ve enfeksiyon ihtimal önemli oranda azdır.
Proloterapi genellikle güvenli olarak kabul edilir. Olumlu etkileri görülmekle birlikte yeni bir tedavi olması henüz bilinmeyen risklerin bulunabileceği anlamına gelir. Örneğin bazı uzmanlar, proloterapide enjekte edilen dekstroz solüsyonunun, uzun vadede eklem dokularında dokuya zarar veren şeker moleküllerinin birikmesine neden olabileceğinden endişe duyduğunu belirtmiştir. Fakat bugüne kadar bunu kanıtlayan bir herhangi bir veri yoktur. Mevcut araştırmalar son derece olumlu sonuçlar göstermiştir.
Nadir durumlarda, tedaviden sonra enfeksiyon oluşabilir. Enfeksiyon belirtileri ağrı ve ateşi içerir. Bu durumda tedavi için hastaya antibiyotik verilir. Proloterapi tedavilerini yalnızca eğitimli ve sertifikalı bir profesyonelden almak oluşabilecek riskleri minimum seviyeye indirecektir. Proloterapi tedavisinde en büyük risk, bir sinire çok yakın yapılan enjeksiyondan kaynaklanan sinir hasarıdır.
